Ozonun antienflamatuarve antienfektif etkileri kronik böbrek hastalıklarında yarar sağlamaktadır. Hastalarda tedavinin hemen başlangıcından itibaren yorgunluk, halsizlik hissi azalmakta, zamanla bu şikâyetler kaybolmaktadır. Ayrıca kronik böbrek hastalıklarının uzun dönemdeki yıpratıcı etkileri, ozon terapi ile minimuma indirilebilmektedir. Böbrekte taş oluşumunda taş kırma tedavisi öncesinde ve sonrasında uygulanan ozon tedavisi yararlı olmaktadır.
Sistit ve prostatit tedavisinde ozon çok kolaylıkla ve başarı ile uygulanabilmektedir. İlk tedaviden sonra şikâyetlerde büyük ölçüde azalma meydana gelirken üçüncü dozdan sonra tamamen iyileşme sağlanabilmektedir. Bu özellikle kronik vakalarda, antibiyotiğe dirençli vakalarda büyük yarar sağlamaktadır.
